Si quelques-unes y restent pendant toute la durée de la guerre, la plupart sont envoyées dans d’autres dépôts. D’abord situés dans l’Ouest de la France, ils sont bientôt eux aussi menacés par la mise en place d’une zone d’occupation. En effet, à partir de l’armistice du 22 juin 1940, la France est divisée en deux zones : l’une occupée par les Allemands au nord, et l’autre libre. Les œuvres y sont mises à l’abri dans de nouveaux dépôts.
À partir de novembre 1942 ont lieu les premiers débarquements alliés en Afrique du Nord pour libérer la France. L’Allemagne répond par l’occupation de la totalité du territoire français. Une dernière fois, les œuvres reprennent la route pour être éloignées des zones de combat.
Au sortir de la guerre, les œuvres retrouvent leurs musées. Ce que les médias de l’époque ne manquent pas de couvrir.
